Le drapeau doit son origine à l'artiste, le graphiste et militant politique américain Gilbert Baker, alors âgé de 27 ans, pour la Gay and Lesbian Freedom Day Parade de San Francisco le 25 juin 1978.
ll s'inspire des symboles propres au mouvement hippie et du drapeau à cinq couleurs utilisé par les groupes pour la défense des droits des Noirs.
Il conçoit le drapeau arc-en-ciel avec l'aide de 30 personnes 2 énormes drapeaux pour répondre aux besoins de la communauté gaie et lesbienne qui désire un symbole pour l'identifier. Baker et trente bénévoles taillent, cousent et teignent à la main deux énormes drapeaux.
A l'origine, les drapeaux comportaient huit bandes de couleurs différentes: le rose vif, le rouge, l'orange, le jaune, le vert, le turquoise, l'indigo et le violet.
- le rouge pour la vie et la guérison.
- l'orange pour la réconciliation, la santé et la fierté.
- le jaune pour le soleil.
- le vert pour la nature, la sérénité.
- le turquoise (couleur disparue depuis) pour l'art.
- l'indigo pour l'harmonie.
- le violet pour l'esprit de communauté.
- le rose (couleur disparue depuis) pour le sexe.
Ces drapeaux ont été utilisés pour la première fois en 1978 lors du défilé de la journée de liberté gaie et lesbienne de San Francisco.
Il est vraisemblable que le choix de l'arc-en-ciel comme symbole de ralliement de la communauté homosexuelle est une référence à la chanson Over the rainbow chantée dans le film The Wizard of Oz (Le Magicien d'Oz) par l'actrice Judy Garland, icône gay dont l'enterrement a indirectement provoqué les émeutes de Stonewall (que la gay pride commémore chaque année).Ce choix peut également s'expliquer par la diversité des couleurs en symbole de diversité d'orientation sexuelle de par le monde.
L'année suivante, pour le défilé de 1979, Baker demande à une compagnie de San Francisco (Paramount Flag Company) de produire en série des drapeaux arc-en-ciel. Cependant, certaines couleurs n'étant pas disponibles, le rose vif et le turquoise sont éliminés et le bleu royal remplace l'indigo.
Le drapeau arc-en-ciel compte depuis six couleurs représentant différents aspects de la communauté :
Le drapeau arc-en-ciel est rapidement devenu le symbole reconnu de la fierté gaie et lesbienne et de sa diversité. Il est même reconnu par le Regroupement international des fabricants de drapeaux.
On peut maintenant le voir partout à travers le monde, il permet de donner une visibilité à la communauté gaie et lesbienne.